První písemná zmínka o městyse pochází z roku 1399, kdy byl prodán Jindřichem z Rožmberka špitálu v Třeboni poplužní dvůr. Brzy byl však v majetku Rožmberků zpět a ti jej spravovali až do počátku 16. stol. Poté zde vládli Krajířové z Krajku a Lobkovicové. Od počátku 17. stol. panství patřilo Slavatům, později pak Fünfkirchenům. V roce 1807 Chlum koupil hrabě Stadion – Thannhausen. Od roku 1875 byl majitelem vévoda František Ferdinand d’Este.
(Chlum u Třeboně je uprostřed)