Město vzniklo na přelomu 12. a 13. stol. za vlády Přemysla Otakara II. Nejdůležitější privilegia udělil městu Jan Lucemburský v roce 1336. V roce 1420 bylo město dobyto Janem Žižkou a připojilo se k husitům. Po krátkém období dolování drahých kovů se stále více prosazuje rybníkářství. V roce 1623 byly Vodňany zastaveny donu Baltazaru de Marradas, který je záhy prodal Schwarzenberkům. Vyplacením zástavy v roce 1710 opět získaly svobodu.
(Vodňany je uprostřed)