Osada byla založena na přelomu 12. a 13. stol., v roce 1259 byl založen cisterciácký klášter. Ten začínal se skromným majetkem, v období pozdního feudalismu mu však již patřilo 105 vesnic a dvě městečka. V roce 1422 byl Vyšší Brod vydrancován husity a klášter vypálen. Další rozsáhlý požár zničil v roce 1567 54 domů na náměstí. V roce 1870 získal Vyšší Brod od císaře Františka Josefa I. statut města.
(Vyšší Brod je uprostřed)