Město bylo ve 13. stol. zničeno při sporech Vítkovců s biskupem Tobiášem z Bechyně, který však získal od krále povolení znovu ho postavit a opevnit hradbami. To se stalo v roce 1295. Kolem poloviny 15. stol. byl Pelhřimov v majetku Trčků z Lípy, kteří ho v roce 1550 prodávají Říčanským. V roce 1596 byl Pelhřimov povýšen na královské město. V letech 1646 a 1766 bylo dvakrát zničeno velkými požáry.
(Pelhřimov je uprostřed)